プロローグ

ロドリゴとの決着後、伯父マリオと共にローマを脱出。

モンテリジョーニへの帰還を果たすが、束の間の休息はロドリゴの息子チェーザレの侵攻によって崩壊、

再び復讐を誓い単身ローマへと発つが、

自身も深手を負っていたために途中で意識を失ってしまう。

チェーザレとの戦い

何者かの手によって気がつくとローマへと辿り着いていたエツィオはそこでマキャヴェリと再会し、

彼の協力を得てアサシンギルドを設立する。

既にアサシンとして卓越した技量を有していたエツィオは

最高位のアサシンであるマスターアサシンと認められ、

暴政を振るうボルジア家からローマを解放すべく立ち上がる。