18世紀。

北アメリカ大陸東海岸にはイギリスによって

13の植民地が形成され、先住民であるインディアンは

自由を奪われた生活を余儀なくされていた。

そんな中、先住民とイギリス人の血を引くコナーは、

植民地支配や少数民族に対する迫害を受ける中で、

不当な仕打ちや、世界にはびこる不正を無くしていく事を決意する。

時を同じくして、イギリス領の支配にあった13 の植民地が、

独立を掛けた戦いを始めた。

これが『アメリカ独立戦争』と呼ばれる戦いである。

同胞たちのため、自由のため、自らの正義のため……

コナーはさまざまな思いを胸に、戦争に参加することを決意する。