15世紀のイタリア。
父と兄弟を殺され、その復讐のためにアサシンとなったエツィオは、
「マスターアサシン」と呼ばれるまでに成長していた。

世界を支配する力を持つ「エデンの果実」——。
かつてローマに潜入したエツィオは、
エデンの果実を手にしたロドリゴ・ボルジアを追い詰めるも、
暗殺することはできなかった。

その後は、家族やアサシンたちの住まう「モンテリジョーニ」にもどり、
平和な生活を楽しんでいたエツィオ。
しかし、チェーザレ・ボルジアの攻撃によって、
その生活は終止符を打たれることとなる。

ローマの膨大な軍事力を背景に、モンテリジョーニに攻め入り、
アサシンたちを殲滅しようとするチェーザレ。
エツィオは奮戦するが、傷を負ってローマに逃げることになってしまう。

ロドリゴと対決して以来のローマで見たのは、
教皇となったロドリゴ・ボルジアと
腐敗した支配層によって苦しめられる民衆の姿であった。
ボルジア家の支配がイタリア全土に及ぶことに危機を感じたエツィオは、
アサシンギルドを組織して戦うことを決意する。

果たして、エツィオたちは彼らを打ち倒し、
イタリア全土に新たなルネッサンス（歴史的大革命）を
もたらすことができるのだろうか。