1751年――。
北アメリカではイギリスとフランスによる七年戦争が始まっていた。

時を同じくして、アサシン教団に所属するシェイ・コーマックは、
古代遺跡に関する重要な写本と解読装置を回収する危険な任務に向かう。
しかし、任務を進めるうちに教団の狙いに気付き、
次第にその動きに不満を持つようになる……。

教団の狙い、それは
古代装置が引き起こす“大地震”による大規模破壊――。

その惨状を目の当たりにし、教団を裏切ることを決めたシェイ。
彼に手を差し伸べたのは、
かつての対立者、テンプル騎士団だった。

シェイはテンプル騎士団とともに、
アサシン教団の野望を阻止しようと奔走する。

舞台は海、 そしてアメリカの広大な大地と、陰謀渦巻く街ニューヨーク。
立ちはだかるのは、かつての仲間たち――。