テロリストの奇襲により、アメリカ空軍基地に甚大な被害がもたらされた。

そして、基地襲撃映像とともに犯行声明が全世界に公表される。

「エンジニア」と名乗るテロリスト集団が、アメリカ合衆国に対し、

世界各国に駐留するアメリカ軍の即時撤退を要求。

それが行われない場合は、「ブラックリスト」という

アメリカ全土に向けた大規模テロを実行すると予告した。

事態を重く見たアメリカ合衆国大統領は、対抗措置として

「フォースエシュロン」を組織。リーダーに「サム・フィッシャー」を任命し、

「ブラックリスト」の阻止を命じる。

ステルス航空機「パラディン」を拠点とし、サムはフォースエシュロンの

メンバーとともに「ブラックリスト」を阻止すべく、行動を開始する。