テンプル騎士団は十字軍の時代、聖地巡礼に向かうキリスト教徒を護衛するために結成された組織である。彼らは十字軍とともに幾多の戦場を駆け、勇猛果敢な戦いぶりで後世にその名を残した。
だが、テンプル騎士団には、知られざる陰の側面があった。彼らはエルサレムのソロモン宮殿にある、古代の「秘宝」を奪い取り、秘められたそのパワーをもって、新しい世界を作ろうと画策していたのだ。
彼らの野望に気づき、その前に立ちはだかったのが、「アサシン」のアルタイルである。前作『アサシン クリード』は、秘宝を狙うテンプル騎士団と、それを阻もうとするアルタイルとの戦いを描く物語なのだ。
これを発端とする2つの勢力の争いは、姿形を変え、現代まで連綿と続くことになる。